Bosque muy húmedo tropical, la vegetación es considerablemente mas rica en especies de árboles, sobresalen: Laurel (Cordia alliodora), Caoba
(Swietenia humilis), Cedro real (Cedrela odorata), Santa maria (Calophyllum brasiliense), Palo de aguas o Barba de leche (Bochisia hondurensis),
Palma de escoba (Iriartea gigantea) y Bejucos.
También predominan las asociaciones de yolillales (pantanos de la palma Raphia-Raphia taedijera-), marillales (Calophylum), y manglares
(Rizophora y Avicennia). En las barras y playas son comunes las asociaciones de icacos (Crysobalanus), uvas de playa (Cocoloba) y cocales.
Muy variada, entre los que sobresalen: Jaguar, Tigre, Lapas, Loros, Cuajipales, Cuervos, Credos de Monte, Monos (congo, colorado y carablanca),
Armadillos y Tapir.
“Posee poblaciones estables de muchas de las especies de vertebrados terrestres que se consideran amenazadas en otras regiones, como el Jaguar
(P. onca), el Danto (T. bairdii), el Tejón (G. allamandi) y el Manatí (T. manatus). Por otro lado, gran parte de la flora local no ha sido colectada,
y los expertos estiman que su identificación incrementará en un 20% los listados de flora vascular actualmente disponibles.
Además se mencionan otras especies que posee la reserva: Pumas, cocodrilos, Sábalo Real, Róbalo, Pez Sierra Gaspar, Tucanes y Pizotes,
Venados, Guardatinajas y Sahinos.
En la parte oriental de la reserva es un ámbito muy rico en ictiofauna, se pueden encontrar Urel, Tiburón, Pargos, Langostas,
Peces de escamas, Calva, Tortuga Verde y otras especies marinas”
Los suelos son pocos profundos, ácidos en algunas partes, anegados y no aptos para la agricultura. Presenta formaciones
Pre-montana y montañas las que aseguran una excelente representatividad en un amplio espectro de la naturaleza.
La utilización de las tierras de la reserva se limita a las plantaciones de coco dispersas en las proximidades de la
bahía de San Juan del Norte y en la barra arenosa que separa el Río Indio del Mar Caribe. También se incluye a los pequeños
huertos familiares (patios) en cada casa de New Greytown.
El área contiene Lagunas, Ríos y Estuarios, Humedales, Planicies costeras, (Sánchez, 1993); Caños y la Bahía de San Juan del Norte (Castillo, 1993). Posee una diversidad de habitats Costeros, Riberinos y Lacustres, que hacen del área un sitio invalorable para la ciencia y el eco turismo. (MARENA, 1994).